آخوند علی رازینی، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح از بخشی از جنایات خمینی در ۳۱ سال پیش پرده برداشت و گفت : محاکمه‌های سریع و بدون رعایت مقررات دست و پا گیرو همچنین کشتار هزاران زندانی سیاسی ۳۱ در سال پیش به فرمان و با تاکید خمینی انجام شد این یکی از آخرین تصمیم‌های مهم خمینی پیش از مرگ اش بود.
آخوند رازینی در گفت و گو با پایگاه اطلاع‌رسانی جماران، وابسته به بازماندگان و نزدیکان خمینی، گفت: خمینی در فرمانی به تاریخ دوم مرداد ۳۱ سال پیش به من دو ماموریت داد ۱- دادگاه ویژه تخلفات جنگ را در کلیه مناطق جنگی تشکیل و طبق موازین شرع بدون رعایت هیچ یک از مقررات دست و پاگیر به جرایم متخلفان رسیدگی نمایید.
۲- هر عملی که به تشخیص دادگاه موجب شکست جبهه اسلام و یا موجب خسارت جانی بوده و یا می‌باشد مجازات آن اعدام است. و السلام.»
وی افزود: آن زمان دادگاه خاصی برای رسیدگی به تخلفات جنگی وجود نداشت و برخی فرماندهان نظامی و مسئولان قضایی بر اساس الگوی “دادگاه صحرایی” عمل می کردند .
آگاهان خبری می گویند دادگاه‌های صحرایی برای رسیدگی به تخلف‌ها در وضعیت جنگی و اضطراری پیش‌بینی شده بود. این در حالی است که فرمان تشکیل دادگاه ویژه تخلفات جنگ چند روز پس از پذیرش قطعنامه آتش‌بس میان ایران و عراق توسط خمینی که خود آن را به نوشیدن جام زهر تشبیه کرده صادر شده است.
حامیان جمهوری اسلامی انگیزه صدور این فرمان و فرمان دیگری مبنی بر کشتار زندانیان سیاسی توسط خمینی را حمله نیروهای سازمان مجاهدین خلق به غرب ایران (موسوم به عملیات مرصاد) عنوان می‌کنند که ۳۱ سال پیش آغاز شد.
آخوند رازینی در ادامه گفت: فرمان خمینی راه را برای برخورد سریع و اعدام‌ها پس از عملیات مجاهدین هموار کرد: «از ثمرات بسیار مهم این قانون این بود که با مخالفینی که در عملیات مرصاد آمده بودند در این دادگاه‌ها برخورد شد. یعنی هیچ کدام منافقینی که در عملیات مرصاد دستگیر شده بودند را نیاوردیم در تهران و یا اهواز محاکمه کنیم. در همان مناطق جنگی که دستگیر شدند، محاکمه و مجازات شدند.»
دادستان سابق دادگاه انقلاب تهران افزود: بیشتر کسانی که در دادگاه‌ها بدون رعایت تشریفات محاکمه شدند جوان بودند و دادگاه تعدادی از آنها در حد نیم ساعت بیشتر طول نمی‌کشید. وی درباره تعداد اعدام شدگان گفته است: «نشمردیم. یادم نیست. آن موقع سر ما شلوغ بود و وقت شمردن نداشتیم».
به دستور خمینی یک هیئت چهار نفره را که به هیئت مرگ مشهور شد۳۱ سال پیش مامور رسیدگی مجدد به پرونده زندانیان سیاسی کرد که اغلب قبلا محاکمه و به حبس محکوم شده بودند. او در این نامه و در حاشیه آن تاکید کرده بود که هر کس که مخالف نظام است با او برخورد و اعدام شود. یکی از اعضای این هیئت آخوند ابراهیم رئیسی بوده که به تازگی توسط علی خامنه‌ای، به ریاست قوه قضائیه منصوب شده است
آخوند حسینعلی منتظری در فایل صوتی خود که پیشتر منتشر شده بود گفته بود این اعدام‌ها که ناقض بسیاری از پیمان‌ها و کنوانسیون‌های بین‌المللی و قوانین داخلی است و اعلام کرده بود طرح کشتار زندانیان سیاسی، به خصوص هواداران سازمان مجاهدین خلق ربطی به عملیات مرصاد نداشته و از سال‌ها قبل ریخته شده است .شما نباید آنان را که فرزندان این آب و خاک هستند اعدام کنید.
منتظری پیشتر گفته بود که احمد آقا پسر آقای خمینی از سه چهار سال قبل می‌گفت مجاهدین از روزنامه‌خوانش و از مجله‌خوانش و از اعلامیه‌خوانش همه باید اعدام شوند و الان بهترین فرصت است.
آخوند منتظری در کتاب خاطرات خود درباره تعداد کشته شدگان تابستان ۶۷ تعداد آنها را ۲۸۰۰ تا ۳۸۰۰ نفر ذکر کرده،اما برخی منابع این رقم را تا نزدیک پنج هزار نفر برآورد می‌کنند.
مصطفی پورمحمدی، نماینده وزارت اطلاعات در هیئت مرگ و وزیر دادگستری دولت اول حسن روحانی، گفته بود: لازم بود که به حساب تک تک منافقین و دیگر سیاسیون می‌رسیدند.
نوشته آخوند رازینی گفته بود: کشتار جمعی زندانیان در سال ۶۷ را یکی از آرزوهای مهم خمینی در اواخر عمرش بود که “مسیر آتی حرکت حکومت” را روشن کرد اولین بار در رادیو پیام اسرائیل. پدیدار شد.
