احمد علم‌الهدی، امام جمعه مشهد مسئولان دولت روحانی را به سرپیچی از دستورات علی خامنه ای متهم کرد و گفت: رهبری دو دستور دادند، یک دستور به مردم برای رعایت بهداشت و دستور دیگر به مسئولان درباره باز کردن درهای حرم‌های اعتاب مقدسه و برنامه عبادی مردم، که در مورد اول مردم رعایت کردند اما در مورد دوم مسئولان دستورات ولی فقیه را اجرا نکردند.
پس از تعطیلی طولانی مدت حرم‌های رضوی در مشهد و حضرت معصومه در قم، به علت شیوع کورونا، چندی پیش و پس از پایان ماه رمضان درهای این اماکن مذهبی به روی مردم باز شد هرچند که بازگشایی این اماکن با دستورالعمل‌های ویژه‌ای اقدام به پذیرفتن زائرین کردند نکته‌ایی که گویا به مذاق علم الهدی خوش نیامده و امروز با انتقاد شدید از مسئولین دولتی به این شکل به مدیریت تاخته است.
براساس دستورالعمل‌های ارائه شده برای تردد مردم در حرم رضوی، این مکان زیارتی تنها از طلوع تا غروب آفتاب، با رعایت دستورالعمل های بهداشتی اجازه پذیرش زائر را دارد.
علم‌الهدی با اشاره به این محدودیت که «حرم شب بسته باشد، روز باز باشد» خطاب به مسئولین گفته با کدام توجیه پزشکی و علمی قائل به انجام چنین محدودیتی شده‌اید؟
علم‌الهدی با انتقاد از نحوه بازگشایی تدریجی در کشور گفته است: «برنامه‌های اقتصادی کشور برای شما اولویت فوق‌العاده دارد و با کمال خطرهایی که بود، مراجع و مجامع اقتصادی، بازارها و پاساژها را دایر کردید. در این شهر مقدس به کسبه و هتل‌ها میلیاردها تومان خسارت وارد شده؛ برای این‌که کسی به مشهد نیاید، در حرم را ببندیم و جلوی زیارت را بگیریم؟»
علم‌الهدی از جمله روحانیون پرنفوذ حکومتی بود که از ابتدای ورود کورونا به ایران، به شدت با تعطیلی اماکن مذهبی کشور و هم‌چنین قطع زنجیر پیوسته برگزاری نماز جمعه در مملکت مخالفت می‌کرد.
