در همان حال که شمار فزاینده ای از مردم غیرمذهبی ایران خواستار کناره گیری و یا برکناری علی خامنه ای هستند و او را یک دیکتاتور می نامند، در حوزه علمیه قم نیز که مرکز قدرت دینی و پایه اصلی نگهدارنده حکومت اسلامی ایران محسوب می شود، مخالفت با خامنه ای گسترش بیشتری می یابد.
آخوند محمد تقی مصباح‌یزدی، با ابراز ناخرسندی از این وضع گفت: امروز برخی در حوزه علمیه به دنبال تضعیف رهبری هستند. شاید رهبری روزانه نتواند حتی چهار، پنج ساعت خواب راحت داشته باشد. حتی فکر این‌که بعد از امام چه خواهد شد، برای ما ناراحت کننده بود؛ اما خدا از خزانه غیب چنین شخصی را نصیب ما کرد.
وی افزود: امروز در گوشه و کنار حوزه، کسانی پیدا می‌شوند که می‌خواهند رهبری را تضعیف کنند، درباره ایشان شبهه ایجاد و با لحن سبک از ایشان یاد می‌کنند و نعمت‌هایی که خدا به دست ایشان نصیب ما کرده را ندیده می‌گیرند.
آخوند یزدی گفت : اتفاق و تحولی که هم اکنون به شکل گسترده در حوزه‌ها به وقوع پیوسته، برای هیچ‌کس قابل تصور هم نیست و باید جلو این فتنه گری ها را گرفت .
بسیاری از کنشگران ایرانی در داخل و خارج از کشور با امضاء بیانیه ای خواهان برکناری علی خامنه ای شده اند .که شمار زیادی از آنان را بازداشت و روانه زندان کرده اند
نوشته محمد تقی مصباح یزدی نیز اعتراف می کند که مخالفت با خامنه ای، به قم، مرکز دینی حکومت نیز رسیده است اولین بار در رادیو پیام اسرائیل. پدیدار شد.
