در روزهای اخیر، موضعگیریهای مقامات دولت جمهوری اسلامی و روحانیت در قبال بحران قرهباغ ابهامهایی ایجاد کرده است. چند روز بعد از موضعگیری صریح چند نمایندۀ آیتالله خامنهای به نفع آذربایجان، علی اکبر ولایتی مشاور رهبری نیز تأکید کرد که ارمنستان باید مناطق اشغال شده را تخلیه کند. با اینحال او و همچنین حسن روحانی بر لزوم پایان دادن به جنگ بسیار پافشاری کردهاند.
