در مخالفت با قرنطینه کردن کامل ایران، وزارت بهداشت رژیم می گوید که زیان های آن بیشتر از مزایا می باشد و به صلاح ایران نیست که مانند چین یا ایتالیا، قرنطینه کامل اعلام کند. مقامات ستاد ملی مبارزه با کورونا در این زمینه می گوید: عوارض قرنطینه کشور از شیوع ویروس بیشتر خواهد بود
کیانوش جهانپور، سخنگوی وزارت بهداشت می‌گوید قرنطینه خانگی در حال اجراست و نظر برخی از افراد در باره قرنطینه قهری کشور، نوعی حکومت نظامی خواهد بود که تبعات اجتماعی، اقتصادی و امنیتی دارد.
ایرج حریرچی، معاون کل وزارت بهداشت در نخستین موضع‌گیری‌ها، قرنطینه را امری مربوط به قرون وسطی خوانده بود. حسن روحانی نیز یک هفته قبل بحث قرنطینه کامل شهرها را رد کرد و گفت: «اصلا چنین چیزی وجود ندارد. نه امروز قرنطینه است، نه ایام نوروز… نه بعد و قبل‌اش و همه در کسب و کار و فعالیت خود آزادند.»
روحانی روز دوم فروردین نیز دوباره تاکید کرد : «از روز اول گفتم توطئه ضد انقلاب این است که کار و فعالیت اقتصادی در ایران تعطیل شود که مدرکش را هم وزارت اطلاعات ارائه کرد… بنابراین ما نباید بگذاریم هدف این‌ها محقق شود. همه باید کار و فعالیت کنیم.»
تحلیلگر رادیو پیام اسرائیل ارزیابی می کند که حکومت از تحمیل مقررات منع آمد و شد و قرنطینه کردن مردم بیم دارد و سپاه پاسداران و نیروهای انتظامی قادر به تحمل این مقررات بر مردم نیستند و نمی توانند از رفت و آمد آن ها بین شهرها و بین محله های هر شهر جلوگیری کنند. همین واقعیت موجب شده که هر روز بر شمار مبتلایان و جانباختگان به صورت تکان دهنده ای افزوده می شود
